Micro-CT是用X射線束對物體某部一定厚度的層面進行掃描，由探測器接收透過該層面的X射線，轉變為可見光后，由光電轉換變為電信號，再經模擬/數字轉換器轉為數字，輸入計算機處理。圖像形成的處理有如對選定層面分成若干個體積相同的長方體，稱之為體素。

　　掃描所得信息經計算而獲得每個體素的X射線衰減系數或吸收系數，再排列成矩陣，即數字矩陣，數字矩陣可存貯于磁盤或光盤中。經數字/模擬轉換器把數字矩陣中的每個數字轉為由黑到白不等灰度的小方塊，即像素，并按矩陣排列，即構成CT圖像。所以，CT圖像是重建圖像。每個體素的X射線吸收系數可以通過不同的數學方法算出。

　　Micro-CT的工作程序是這樣的：它根據物體不同部分對X線的吸收與透過率的不同，應用靈敏度*的儀器對物體進行測量，然后將測量所獲取的數據輸入電子計算機，電子計算機對數據進行處理后，就可攝下物體被檢查部位的斷面或立體的圖像，發現體內任何部位的細小變化。

　　CT設備主要有以下三部分：

　　1.掃描部分由X線管、探測器和掃描架組成；

　　2.計算機系統，將掃描收集到的信息數據進行貯存運算；

　　3.圖像顯示和存儲系統，將經計算機處理、重建的圖像顯示在電視屏上或用多幅照相機或激光照相機將圖像攝下。探測器從原始的1個發展到多達4800個。掃描方式也從平移/旋轉、旋轉/旋轉、旋轉/固定，發展到新近開發的螺旋CT掃描。計算機容量大、運算快，可達到立即重建圖像。由于掃描時間短，可避免產生的偽影超高速CT掃描所用掃描方式與前者*不同。Micro-CT掃描時間可短到40ms以下，每秒可獲得多幀圖像。由于掃描時間很短，可攝得電影圖像。